Вообщем проблема решилась следующим образом:
1. uTorrent - под снос. Управлять его трафиком у меня не вышло.
2. Ставим Vuze.
3. Настраиваем его на работу через 1 конкретный порт: ИНСТРУМЕНТЫ=>НАСТРОЙКИ=>РЕЖИМ=>УРОВЕНЬ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ - ПРОДВИНУТЫЙ. ДАЛЕЕ ВКЛАДКА СЕРВЕР=>расширенные настройки сети=>привязать к локальному порту - вводим порт (у меня 63000)=>применить=>закрыть
4. Настраиваем сам шейпер.
Вот мои настройки.
может кому пригодиться.
З.Ы. Третий класс rate 100 ceil 100 на всякий случай